中南大學基礎醫(yī)學院前身為湖南醫(yī)科大學基礎課部，始建于1956年，1984年初更名為基礎醫(yī)學系，1993年更名為基礎醫(yī)學院，2000年中南大學合并，2002年重組中南大學基礎醫(yī)學院。

中南大學基礎醫(yī)學院伴隨“百年湘雅”的發(fā)展不斷成長壯大，是我國現(xiàn)代基礎醫(yī)學的發(fā)祥地之一，已成為集教學、科研和社會服務于一體的國家基礎醫(yī)學高級專門人才培養(yǎng)和科學研究基地。學院現(xiàn)有基礎醫(yī)學、生物學和特種醫(yī)學3個一級學科的博士點與博士后流動站以及1個生物醫(yī)學工程碩士點。擁有1個國家重點二級學科（病理學和病理生理學），2個湖南省重點一級學科（基礎醫(yī)學、生物學），4個湖南省重點二級學科（人體解剖與組織胚胎學、病原生物學、生理學、腫瘤學）；1個國家干細胞研究工程中心、7個省部級重點實驗室。免疫學、生物學與生物化學、遺傳學與分子生物學進入ESI全球前1%。學院現(xiàn)有基礎醫(yī)學、法醫(yī)學和生物醫(yī)學工程3個本科生招生專業(yè)，擁有腫瘤學、干細胞工程與遺傳學、神經(jīng)生物學、生理學、免疫學、解剖與組織胚胎學、病理學與病理生理學和病原生物學等30余個研究生招生學科和方向；在讀本科生、碩士和博士研究生1000余人。