1979年，學校成立系統(tǒng)工程系（自動化系）和系統(tǒng)工程研究所，這是國內最早成立的系統(tǒng)科學與系統(tǒng)工程的教學與科研機構。著名科學家錢學森專程到校考察系統(tǒng)工程本科專業(yè)學生培養(yǎng)工作，并在系統(tǒng)工程研究所成立大會上發(fā)表講話。同年，與美國麻省理工學院斯隆管理學院正式簽訂校際合作協(xié)議，這是改革開放后上海市最早的中外合作辦學項目。

1981年，與美國麻省理工學院斯隆管理學院等高校合作，開始舉辦全英文授課碩士班。1983年，美國《華爾街日報》發(fā)表專題報道，認為“此舉開創(chuàng)了中國MBA教育的先河”。

1992年，系統(tǒng)工程系和系統(tǒng)工程研究所合并成立系統(tǒng)科學與系統(tǒng)工程學院。1999年，更名為管理學院。2004年，上海醫(yī)療器械高等專科學校管理系劃歸管理學院。2005年，由中國科學院系統(tǒng)科學研究所、上海理工大學、北京師范大學合作組建上海系統(tǒng)科學研究院。錢學森親自題詞命名。

學校商學院始建于1988年，淵源可追溯到1921年滬江大學創(chuàng)辦的商業(yè)管理系。1996年，商學院與上海機械高等專科學校的管理工程系合并重組成立新的商學院。

2006年，管理學院與商學院、工商管理MBA教育中心合并重組成立新的管理學院。2009年，學校城市建設與環(huán)境工程學院交通工程系劃轉至管理學院。

2018年5月，學院正式通過AACSB（The Association to Advance Collegiate Schools of Business,簡稱AACSB）國際認證，學校成為大陸地區(qū)第20所、上海市第6所通過AACSB國際認證的大學，也是非教育部高校中首個通過AACSB國際認證的大學，標志著學院進入國際精英商學院序列。2020年12月，學院成為EFMD正式會員。2021年12月，學院正式加入聯合國全球契約組織“責任管理教育原則”（The Principles for Responsible Management Education,簡稱PRME），成為中國（含港澳臺地區(qū)）第28所簽署高校。

學院下設10個系和2個中心：信息管理與信息系統(tǒng)系、工業(yè)工程系、會計系、工商管理系、公共管理系、財政稅務系、金融系、國際經濟與貿易系、系統(tǒng)科學系、交通系統(tǒng)工程系，專業(yè)學位教育中心、高級管理者培訓與發(fā)展中心。另設有上海系統(tǒng)科學研究院、上海市工程管理學會、上海市人民政府發(fā)展研究中心——上海理工大學“基于互聯網+的上海創(chuàng)新發(fā)展”決策咨詢研究基地、中國周邊經濟研究中心、“十四五”上海民政科研基地（民政事業(yè)殯葬研究方向）、上海理工大學智慧應急管理學院、上海理工大學智慧城市交通研究院、上海理工大學電子商務發(fā)展研究院、上海理工大學滬江產業(yè)經濟研究所、上海理工大學區(qū)域規(guī)劃與交通運輸系統(tǒng)研究所、上海理工大學中小銀行研究中心、上海理工大學財政金融研究院、上海理工大學人機集成聯合研究中心、上海理工大學超網絡研究中心等研究機構。

學院已實現多類型、多層次辦學模式。學科涉及四個學科門類：管理學門類下的管理科學與工程、工商管理、公共管理3個學科；經濟學門類下的應用經濟學1個學科；理學門類下的系統(tǒng)科學1個學科；工學門類下的交通運輸工程、系統(tǒng)工程2個學科。